Rudenim Balikpapan terletak di Provinsi Kalimantan Timur yang secara geografis Provinsi Kalimantan Timur terletak antara 113˚44′ – 119˚00 BT dan 2˚33′ LU – 2˚25′ LS dengan ibu kota Samarinda. Luas Provinsi Kalimantan Timur adalah sebesar 127.346,92 km² dan luas pengelolaan laut sebesar 25.656 km². Wilayah terluas adalah Kabupaten Kutai Timur dengan luas lahan sekitar 35.747,50 km² dan wilayah dengan luas paling kecil adalah Kota Bontang dengan luas wilayah 406,70 km². Provinsi ini berbatasan langsung dengan Kalimantan Utara di sebelah Utara, Laut Sulawesi dan Selat Makasar di sebelah Timur, Kalimantan Selatan di sebelah Selatan, dan Kalimantan Barat, Kalimantan Tengah serta Malaysia di sebelah Barat.
Rudenim Balikpapan terbentuk dan melaksanakan tugas fungsinya tahun 2006 yang saat ini memiliki wilayah kerja Provinsi Kalimantan Timur dan Provinsi Kalimantan Utara, meliputi 5 (lima) Kantor Imigrasi:
- Kantor Imigrasi Kelas I TPI Samarinda;
- Kantor Imigrasi Kelas I TPI Balikpapan;
- Kantor Imigrasi Kelas II TPI Tarakan;
- Kantor Imigrasi Kelas II TPI Nunukan;
- Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Tanjung Redeb;
- Kantor Imigrasi Kelas III Non TPI Bontang.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor M.01.PR.07.04 Tahun 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Detensi Imigrasi, Rudenim memiliki Susunan Organisasi sebagai berikut:
- Sub Bagian Tata Usaha;
- Seksi Registrasi, Administrasi dan Pelaporan;
- Seksi Perawatan dan Kesehatan;
- Seksi Keamanan dan
Sub Bagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan Urusan Tata Usaha dan Rumah Tangga Rudenim. Sub Bagian Tata Usaha memiliki fungsi:
- Melakukan urusan kepegawaian;
- Melakukan urusan keuangan;
- Melakukan urusan surat menyurat, perlengkapan dan rumah tangga.
Seksi Registrasi, Administrasi, dan Pelaporan mempunyai tugas melakukan pencatatan pada saat masuk dan keluar, membuat dokumen sidik jari, foto, dan menyimpan benda-benda milik pribadi, serta melaksanakan pemulangan terdetensi dan pelaporannya.
Seksi Perawatan dan Kesehatan mempunyai tugas melakukan penyiapan kebutuhan makan sehari-hari, kebutuhan perawatan kesehatan dan kegiatan olahraga serta memfasilitasi kegiatan ibadah terdetensi.
Seksi Keamanan dan Ketertiban mempunyai tugas dan tanggung jawab terhadap pelaksanaan pengamanan, melakukan pengisolasian dan pemindahan terdetensi antar Rumah Detensi Imigrasi serta pengeluaran terdetensi dalam rangka pengusiran dan pemulangannya.

